آموزش زیست شناسی سامانه ای

تولید و تفسیر داده های omics

مدل سازی کامپیوتری بیماری ها یا فیزیولوژی ارگان ها با استفاده از اطلاعات موجود در منابع

استفاده از سیستم های پیچیده سلول های انسانی در تفسیر و پیش بینی فعالیت های بیولوژیکی داروها و ژنهای هدف

ویژگی سیستم های زنده پیچیده و ارتباط آن ها با زیست شناسی سامانه ای

ابزارهای محاسباتی و شبیه سازی زیست شناسی سامانه ای

چگونگی ارتباط اجزا دروس سلول

زبان کیفی و کمی در توصیف وقایع زیستی (Quantitative & Qualitative Language)

زبان استاندارد و مشترک

تعریف های زیست شناسی سامانه ای (Systems Biology)

روش علمی (Scientific Method)

مدل استنتاج فرضیه (Hypothesis-Driven Model)

مدل استقرایی (Data-Driven or Inductive Model)

مقیاس ها در سامانه های زیستی (Different Scales in Systems Biology)

روش های آزمایشگاهی و محاسباتی در زیست شناسی سامانه ای (Experimental and Computational Systems Biology)

داده پایگاه های مورد استفاده در زیست شناسی سامانه ای (Bioinformatic Databases for Systems Biology)

سامانه های پیچیده (Complex Systems)

جزنگری یا تقلیل گرایی و زیست شناسی سامانه ای (Reductionism & Systems Biology)

ویژگی های نوظهور (Emergent Properties)

نظریه گراف (Graph Theory)

موتیف شبکه (Network Motif)

مفهوم مدل در زیست شناسی سامانه ای (Model in Systems Biology)

استواری مدل (Robustness)

رویکرد Bottom-Up (Bottom-Up Approach)

مسیر cAMP (cAMP Signaling Pathway)

G - پروتئین ها (G-Proteins)

مفهوم انتقال پیام یا مخابره آن (Signal Transduction)

معادلات کینتیکی (Kinetic Equations)

سازماندهی عمومی مسیرهای پیام رسانی

داروها و گیرنده های سطح سلولی (Drugs and Cellular Ligands)

مسیر/شبکه MAP کیناز (MAP Kinase Signaling Pathway)

تشکیل کمپلکس پیام رسانی

منشا ایجاد شبکه از مسیر پیام رسانی

بخش های سلولی درگیر در انتقال پیام

معادلات ریاضی در مسائل زیست شناسی سامانه ای

مدل های تصادفی (Stochastic Models)

شبیه سازی انواع مختلف مدل ها (Model Simulation)

از بیان ریاضیاتی تا شبیه سازی عددی (Numerical Simulation)

شبیه سازی دینامیکی گسسته (Discrete Dynamic Simulation)

نرم افزارها (Software)

خطا در ساخت مدل و شبیه سازی (Errors in Modelling)

جمع آوری و تحلیل مجموعه داده های بزرگ (Large Scale Data Analysis)

ژنومیک (Genomics)

پروتئومیک (Proteomics)

متابولومیک (Metabolomics)

منشا تنوع در داده های آزمایشگاهی امیک (Omics)

هستی شناسی ژنی (Gene Ontology)

تحلیل غنی سازی ژنی (Gene Enrichment Analysis)

نظریه گراف

انواع شبکه ها (Biological Networks)

بیوانفورماتیک (Bioinformatics)

پایگاه های داده زیستی (Biological Databases)

ساختن شبکه از مجموعه داده های بزرگ

نرم افزارهای تحلیل شبکه های زیستی

Cytoscape

سلسله فرایندهای تحلیل شبکه زیستی

تحلیل شبکه ها (Network Analysis)

شبکه های مقیاس آزاد (Scale-Free Networks)

استواری شبکه (Network Robustness)

توپولوژی شبکه و مفهوم فاصله (Network Topology & Distance)

تحلیل شبکه بدست آمده از داده های بیان ژن (Gene Expression Data Analysis)

تحلیل شبکه اندرکنش پروتئین-پروتئین (Protein-Protein Interaction Network)

توانایی ها و محدودیت های انواع مختلف مدل ها

محدودیت های مدل های آماری (Statistical Models)

برای درک توپولوژی سامانه به مدل های شبکه نیازمندیم

مدل های پویا (Dynamic Models)

تحلیل پویای یک سامانه دوپایا (Bistable System)

فراحساسیت چیست؟ (Ultrasensitivity)

استواری چیست؟ (Robustness)

پروتئین های داربست (Scafold Proteins)

شبکه بیماری های انسانی (Human Disease Network)

بیماری های هم رخداد (Co-Occurrence Disease)

پزشکی پی۴ (P4 Medicine)

استفاده از زیست پزشکی سامانه ای برای بیماری های غیری مسری (Systems Biomedicine)

بیماری انسداد مزمن ریوی (COPD)

استفاده از زیست پزشکی سامانه ای برای سرطان (Systems Biomedicine & Cancer)

استفاده از زیست شناسی سامانه ای برای درک عملکرد دارو (Drug Action in Systems Pharmacology)

رویکرد کشف دارو بر پایه شبکه (Network-Based Drug Discovery)

شبکه دارو-هدف (Drug Target Network)

درمان چنددارویی (Drug Combination or Multidrug Therapy)

کشف عوارض جانبی داروها (Drug Side Effects)

پارادایم یا چهارچوب نظری زیست شناسی سامانه ای (Systems Biology Paradigm)